해양과학기술의 기초 위에 최신 응용기술을 접목시킨 해양융합공학과에서는 인류의 최종 보고인 바 다를 탐구하고, 기초해양과학기술과 최신 응용기술을 접목한 (1) 해양진단 및 탐사공학, (2) 해양생태 및 해양/수산 생명공학, (3) 해양환경 및 기후변화, (4) 해양자원 및 에너지활용 기술 분야의 융합적 교육과 연구를 통해, 신 해양시대의 중추적 역할을 담당할 전문인력을 양성하고 있다.
해양융합공학과는 현장 중심의 교육을 실시하고 있다. 해양 실습 조사선을 이용하여 해양에서의 현장 교육 실시하는 것은 물론, 컴퓨터 프로그래밍 교육 강화를 통한 해양자료 처리 및 모델링 전문 인력을 양성한다. 타대학 해양관련 학과와 차별화되는 특화된 최첨단 융합공학 교육도 자랑거리이다. ‘해양 진단·탐사 공학’, ‘해양 환경·바이오 공학’ 등 특화된 2개 교육과정도 운영한다. 해양 실습 조사선 승선, 연안 해양 실습을 통해 현장 교육을 강화하고 국내 대학 최 대수조 실험실과 첨단 해양관측 및 분석 기기를 활용한 실용 교육을 실시한다. 산업체와 연구소 등의 현장 전문가가 참여하는 교육을 통한 실무 교육도 시행한다.